アストリアの反政府組織「民の翼」のメンバーだったことが暴かれた、城崎和雄（勝村政信）の荷物から参事官・杉原美都里（松雪泰子）の名刺が見つかり、美都里の反政府組織「民の翼」との関与疑惑が浮上。事情聴取の結果次第では、GATE24の存続までも危ぶまれる事態に！ しかし、税関職員・森万智（趣里）は美都里の名刺からある真実を見抜き、事態は好転したかに見えたが…!?
同じ頃、関東国際空港ではアストリア大統領来日に伴い、厳戒態勢が敷かれる。実は、「民の翼」のリーダーが来日し、大統領暗殺を企てようとしているという情報が入っていたのだ。そんな中、GATE24にはヴァルディニア便が到着。その便には、留学から帰国する深澤然（柳葉敏郎）の娘・紬（泉有乃）も、留学中に知り合った友人・ノア（瀬戸琴楓）とともに乗っていた。そんな紬とノアの審査を担う万智は、２人が種の入った香り袋を持っていたため、植物検疫で詳しく検査することに。２人の荷物を目にした万智は何か引っかかるものを感じ…？
一方、早見圭一郎（眞栄田郷敦）と松山篤志（板垣李光人）が担当するブースでは、政治上の問題により過去に複数国で入国拒否されていたアストリア国籍の男・クローネの審査を行っていた。その発言、荷物から違和感を抱いた早見たちは警戒し、別室へ案内。そこで詳しく調べていると、突然、深澤が審査を切り上げてクローネを入国させるよう指示してくる。いつもと様子が違う深澤に早見たちが戸惑う中、万智は深澤がひそかに発していたサインに気づき…！ 深澤は妻・眞弓（高橋かおり）を人質に、「旅客を全員入国させろ」と脅迫されていた!?
大統領暗殺計画、そして眞弓の命の危機…この事態にどう立ち向かうのか!? そして、GATE24を待ち受ける未来とは…？
