主人公は本シリーズの立役者・鈴木京香が演じる、偏屈な《文字フェチ》頭脳派刑事・鳴海理沙。地下深くにある警視庁捜査一課「特命捜査対策室」第6係（文書解読係）にこもり、「倉庫番の魔女」と揶揄されながらも、難解な未解決事件を次々と解決に導いてきた彼女ですが、Season３では思わぬ転機が訪れることに！ なんとこの６年の間に、Season１からバディを組んできた肉体派熱血刑事・矢代朋（波瑠）が異動。さらに係長不在の状態も続き、6係は廃止の危機に陥ってしまいます。
そんな中、意気消沈する理沙を救う《新メンバー》が現れる！ NHK連続テレビ小説『ちむどんどん』（2022年）でヒロインを演じ、今年も主演映画の公開を複数控える20代きっての実力派・黒島結菜が、今シーズンから参戦。主演・鈴木と新バディを結成し、新たな物語を紡いでいきます。
