郊外の廃倉庫で白骨化した遺体が発見され、捜査一課に捜査要請が入るが、骨だけでは調べようがないため、特命係が捜査を押しつけられる。骨の発見現場にやってきた右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、廃品に紛れた遺留品から米の入った袋と紙片を発見。その紙片には、「大手米穀販売会社・タキガワが、主食用の米に加工用米を混ぜて販売している」という主旨の告発が書かれていた。また、骨髄から摘出したＤＮＡの型から、遺体の人物に前科があったことが判明。遺体は、蜂矢（稲健二）という中年男性で、3年の服役の後、協力雇用主制度を利用してタキガワに再就職した人物だった。協力雇用主制度とは、元受刑者の社会復帰を促すために、彼らを雇用した企業に補助金が支給される仕組み。亘が法務省時代、策定にかかわった制度でもあった。
蜂矢は、タキガワの不正を告発しようとして殺されたのではないかという疑惑が浮上する中、右京はタキガワで雇用されていた元受刑者のリストから、蜂矢の失踪と同時期に「逮捕による懲戒処分」という理由で退職している人物を発見。問題の男は、塀の中と外を行ったり来たりしている、亀井（笹野高史）という年老いた累犯受刑者だった。右京と亘は、刑務所を訪れて亀井から話を聞くが、「自分は殺しとは関係ない」と言うばかりで要領を得ない。いっぽう、亘が行きつけにしているレストランの女性オーナーシェフ・しおり（入山法子）にも疑惑が。しおりは、食材アドバイザーとしてタキガワの経営にもかかわっていたのだが、食品偽装の疑いが持ち上がる直前、タイミング良くタキガワから身を引いていた。そんな中、右京と亘は刑期を終えて出所してきた亀井に接触。しかし、亀井は特命係の2人ですら手を焼く老かいな人物で…!?
元受刑者の死と食品偽装疑惑の繋がりとは？
亘が入れあげる女性シェフにも“ある秘密”が!?
特命係が社会のひずみでもがく人々の思いに切り込む！
