本作の主人公は、天才的な頭脳を持つ元脳外科医の解剖医・初島晴人(間宮)。周囲からは“神に選ばれた天才”と呼ばれるが一緒に働く同僚たちからは変人扱いされている。そんな晴人はある理由から外科医を辞め、死者の声なき SOS を読み解く解剖医に転向し、国立法医解剖センターで働くことに。
法医解剖センターでは、現代の東京で起きる難事件や不可解な事故などに巻き込まれ、謎の死を遂げた死者のご遺体が日々運ばれてくる。
晴人は「ロリコン誘拐犯の謎の死」、「世間で炎上中だった地下アイドルのライブ中の謎の死」、「闇バイトでトクリュウに加担した若者の謎の死」、「初デートの映画館で起きた急死」、「家出界隈の若者の孤独な死」など社会の歪に隠された問題に直面。
原因不明の死には常識では見抜けない“希少疾患”があり、死に隠された謎、つまり“神のクイズ”に挑んでいく―。
そんな晴人自身も実は謎の奇病に蝕まれ、「俺の体、いつまで持つかな？」と、死と隣り合わせの人生を送っていた。周囲から、天才と呼ばれる晴人だが、天才と言われる過去にはある秘密が隠されていた。
