京都で呉服店を経営する高村の遺体が東京で発見された。手には謎の4桁の数字が羅列された紙の切れ端が握られていた。
高村は死の直前、都内のホテルに電話をかけていたことが判明。右京（水谷豊）と尊（及川光博）がそのホテルを訪ねると、偶然にも尊は学生時代の恋人・唯子（檀れい）と再会する。ぎこちなく言葉を交わして別れる2人だが、なぜかその唯子に不審な行動が見られ、さらには高村が最後にかけた電話と唯子につながりがあることがわかる。さっそく右京と尊は唯子から話を聞こうとする。しかし、唯子は男たちに守られ、ホテルから逃げるように姿を消してしまう。なぜ唯子は警察から逃げるのか？ 唯子は高村の死となにか関係しているのだろうか。
元恋人の不穏な動きに心穏やかでない尊だが、右京は嫌疑対象であることは間違いないと指摘。また右京は生前の高村の行動などから高村が千利休を信奉する歴史マニアであると推理。刑事部長から強引に与えられた休暇を利用して右京と尊が京都へと向かう！
事件の真相と420年前の千利休の謎。東京での殺人事件をきっかけに右京と尊が京都を舞台に不可解な事件に挑む！
