かつて世間を騒がせた連続殺人犯“コウモリ”が、再び動き出した――！ 15年前に起きた“コウモリ”による連続殺人事件。そのすべての現場には、遺体のそばに黒い花びらが残されていた。花びらがコウモリのような形をしていたことから、一連の事件は“コウモリ事件”と呼ばれるようになった。犠牲になった安堂楓（仁村紗和）の両親は、監禁された末に殺害された。このとき、楓も別の場所に監禁されていたが、後に楓だけは解放された。いずれも未解決のまま、犯人逮捕には至っていない。
コウモリは、なぜ15年もの沈黙を破り、殺人事件を再開させたのか。再びコウモリが動き出したと思われ、神奈川県警は総力を挙げて追うことに。
コウモリに父親を殺害された刑事の奥沢雪路（佐藤大樹）は、コウモリ事件を担当したいと磯貝（細田善彦）に希望するが――。
そんな中、横浜・関内で殺人事件が発生。すぐに犯人らしき人物は見つかったが、それは未成年の少女だった。協力を依頼された楓は、少女と向き合うことに。
事件を追う中で、少しずつコウモリにつながる情報に近づいていく楓。ところが、新たな試練が待ち受けていて……！？
