ネット検索の分野で世界シェアを伸ばしている気鋭のＩＴ企業『ネクサーチ』の社長・関谷（田中幸太朗）が、“ドミノ”に組み込まれた銃で命を狙われた。事件に興味を持った右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）と共に捜査を開始。現場で不可解な動きをしていた清掃員の青年・数原（豊田裕大）に接触する。事件とは無関係だと主張する数原だったが、なぜか自身の天才的な頭脳を隠しているようで…!? いっぽう、副社長の丹羽（浜野謙太）とは親しげな様子。聞けば、丹羽は数原の才能を認め、個人的に数学を教えているらしい。さらに捜査を進めると、関谷が狙われたのは、検索エンジンを開発した17年前に何らかの理由がある可能性が浮上。当時、関谷と丹羽の恩師ともいえる大学教授が事故死していたことが分かる。そんな中、捜査一課は『ネクサーチ』の入退室記録から、丹羽を重要参考人として連行するが、丹羽は黙秘する。
