元裁判官、そして元検事が相次いで殺害される事件が発生する。現場周辺の防犯カメラに映っていたのは、金属バットを手にした黒ずくめ、目出し帽の３人組――そしてこの元裁判官と元検事が、過去に同じ事件を担当していたことが判明し、恨みを持つ人物による犯行との見方が強まっていく。
やがて捜査線上に浮上したのは、かつて伊垣修二（大森南朋）が取調べ中に殴りつけ、捜査一課を追われるきっかけとなった男・高野竜二（玉城裕規）だった！
しかも高野は、青柳遥（松下奈緒）が伊垣の元妻で、２人の間には美里（今濱夕輝乃）という娘がいることまで調べ上げ、２人にも魔の手を伸ばそうと…。さらには、八重樫雅夫捜査一課長（遠藤憲一）までもが命を狙われている可能性が浮上し、警視庁には一気に緊張が走る――！
そんな中、内閣官房長官・久世俊介（佐藤浩市）の助言を受け、ＳＳＢＣと捜査一課は改めて、殺害された元裁判官と元検事が過去に担当した事件を洗い直す。そこで新たに浮かび上がったのが、かつてトクリュウによる強盗殺人事件の指示役として逮捕され、現在は無期懲役で府中刑務所に服役している男・宇喜多健介（こばやし元樹）だった。宇喜多もまた、殺害された２人と深い因縁を持つ人物だったのだ。
伊垣、名波凛太郎（相葉雅紀）、遥の３人は宇喜多との面会に臨む。しかし、不敵な笑みを浮かべる宇喜多は、言葉巧みに３人を翻弄。刑務所の中にいるこの男と、一連の事件にはいったいどんな接点があるのか――？
元裁判官と元検事を殺害した３人組の正体は？ 高野は一連の事件にどう関わっているのか？ そして、“服役中の男”宇喜多と事件をつなぐものとは――？
ＳＳＢＣと捜査一課が挑む、Season2最後の《大追跡》！
