過去に戻れる不思議な乗り物・選TAXIの運転手である枝分（竹野内豊）は大好きなアニメの聖地を見に行こうと思いつき、行きつけのカフェの店長・迫田（バカリズム）には秘密で温泉地へ一人旅に出る。スペシャルな旅行に浮かれ気分の枝分だったが、そこで様々なトラブルを抱えた乗客と出会うことに。
戦力外の危機にひんするプロ野球選手の駒谷（玉山鉄二）は自主トレ中のハプニングによって、シーズン絶望の大ケガを負ってしまう。専属トレーナーの向井（宇梶剛士）と共に、偶然停車していた選TAXIに乗り込んだ駒谷は、枝分のアドバイスを受けて過去に戻ってやり直すことに！
その後、二人に紹介してもらった旅館を訪れた枝分は、婚約者の美緒（瀧本美織）から突然、婚約破棄を告げられた光雄（山崎樹範）を乗せることに。入籍を翌週に控えて、何が婚約破棄の原因となったのか？その理由を探るため、選TAXIに乗って過去に戻る光雄だったが…。
その夜、修学旅行で旅館に宿泊していた中学校の担任・金本（清水富美加）は、生徒の麻尋（清原果耶）が突然姿を消してしまったことを知る。副担任の小野寺（丸山智己）らに伝わって騒ぎを大きくしたくない金本は、ロビーで出会った枝分と共に一緒に麻尋を探すことに。選TAXIで過去に戻って、麻尋の失踪を止めようとする金本だったが…。はたして、麻尋の行方と失踪の理由とは？
さらに、人の良さそうな男だが、哀愁を漂わせる宿泊客・窪田（松重豊）の身にも意外な出来事が…。
乗客それぞれの「やり直し」を選TAXIで手助けする枝分だったが、バラバラだった物語がやがて一つの大事件に発展していく！
